Спасибо всем и персональное АНТОХЕ, оба варианта заработали. Для avr этой папки option с файлом ccsbcs.c не было, а под все остальные контроллеры исходники удалил не глядя. В итоге добавил файл ccsbcs.c из папки с другим контроллером, прописал его в makefile. Ошибку выдавал из-за условной компиляции поскольку функции ff_convert, ff_wtoupper находились в файлах ccsbcs.c и cc932_avr.c и при выборе не японской кодировки требовался ccsbcs.c.
P.S. cc932_avr.c можно удалить если не нужен японский