VME в самых шустрых своих режимах (2eSST, 2eVME) работает намного быстрее чем PCI 32bit 33Mhz и даже 66Mhz. Там было заявлено что то вроде 320 мбайт/с. Но интерфейс старый, и даже очень старый, сейчас под него что то делать смысла нет вообще никакого. И уж точно не найти мегафункцию с VME для альтеры/зайлинкса. Если очень надо, пользуйтесь готовыми микросхемами - есть мосты pci-vme у тундры, есть и отечественные микросхемы c VME
http://forum.ixbt.com/topic.cgi?id=64:2829-7 . А если уж припрет самим делать, то интерфейс VME можно слепить абсолютно на любой плисине, он очень простой. Подойдет и первый циклон, лишь бы ног хватило.
Что до действительно современных интерфейсов, тех что индастриал и для больших многомодульных крейтов(в т.ч. 6U и 9U ), буржуи переходят на последовательные точка-точка, навроде рапид и/о. Вот только готовую мегафункцию опять таки вы не найдете ) Но, опять таки, можете использовать готовые мосты (наши и буржуйские) или даже процессор
http://www.kosrad.ru/conf/MEC/data/papers/m10-233-31111.pdf