1. Определиться, куда именно будет входить ПО (в состав какого изделия, или оно вообще будет самостоятельным).
2. Оформить на него документацию по ЕСПД. Это типа ЕСКД, но для программистов.

3. Включить в состав изделия ПО путем добавления в СП изделия ссылки на СП этого ПО (вот только раздел забыл, надо ГОСТ читать, наверно, в комплексы).
4. Записать на нужный носитель необходимые файлы (бинарники, исходники, документацию). Т.о. создаются электронные документы. Тоже согласно ЕСПД.
5. Подписать эти документы и сдать в архив. Если файлы записаны на CD (и т.п.), то можно наклеить этикетку, на которой будет обозначение, наименование и фамилии согласно ГОСТу. А можно создать отдельный документ УД (удостоверяющий лист), в котором будут удостоверяться подписи людей с указанием контрольной суммы файлов, например. Т.о. документы превращаются в подлинники.
5а. Если есть электронный архив подлинников (введена система элекронного документооборота КД), то тогда уж вообще вопросов нет.