В таких случаях всегда пользуюсь цифровым осциллографом. Tektronix DPO4054 с буфером 10 миллионов отсчетов по каждому каналу. Если во времянке что-то не то самое оно. Если в протоколе, пишем все в файл *.isf, потом своей софтиной разбираюсь что не так...
Вся осциллограмма

Нужный участок

Декодированные данные пакетов