Похоже у конденсаторов с правой стороны точки привязки как-то смещены, поэтому и пронумерованы так.
А с передачей в плату есть один момент. Если напрямую сделать репэкейдж, то он развалит всю плату, это да. Поэтому его нужно делать в два этапа. Сначала перенумеровать так, чтобы ВСЕ компоненты получили новые рефдезы, которых до этого в схеме в принципе не было. Проще всего это сделать используя Refdes Pattern, например такой:
а потом вернуться к нормальному
Получается сначала все компоненты получат новые рефдезы вида RAAA, RAAB... CDFE и т.д. Наверняка ни одного такого в плате нет, а значит все связи останутся на своих местах.
А потом, при второй переупаковке все рефдезы получат нормальную нумерация, опять же не совпадающую с предыдущей(RAAA - R1, RААВ - R2 и т.д.) И значит снова все разведенные цепи останутся на своих местах, а изменятся только рефдезы компонентов.
Такой вот трюк используется. Ну и вообще, управление нумерацией у Концепта очень мощное и им стоит пользоваться. Если конечно идеология позволяет...