Я в таких случаях редактирую пины, таким образом, чтобы в слое маски ширина была чуть больше чем шаг выводов. Для корпуса SOIC сделанного мною приходится редактировать два пина, для родного библиотечного - три (у них облонг площадка с другой стороны корпуса почему-то имеет другое имя). Хуже всего с библиотечными QFP - аж восемь пинов приходится редактировать

. Вообще это сильно зависит от производителя кто-то просит сделать общую маску для шага 1,27, а другие и при шаге 0,5 нормально кладут маску между выводами.