Цитата
но зашить (JLink в SWD) в него другую не получается
Странно. Должен был просто затереть кусок программы при подключении дебагера. А раз прога все равно работает, то скорее всего
либо накрылись лапы SWD либо при запуске проца, программа, сразу же запрещает режим отладки.
Вообще в таких ситуациях надо включить проц в режим BOOT и тогда уже должен появиться доступ через дебагер по SWD.