Цитата
Никак не пойму в чём дело. перезагрузка не помогает.
Какой результат вы ожидаете? Я так понял что вы каждый раз меняете таблицу разделов, и каждый раз вам говорят что ядро работает со старой таблицей разделов. Если нужно без перезагрузки обновить таблицу разделов, то нужно сначала отмонтировать все разделы с карточки, а затем использовать утилиту partprobe.
Цитата
что файловая система рано или поздно оказывается повреждённой.
Монтируйте файловую систему в read-only