Для AVR вполне подходят фирменные даташиты (тех.описания) на микроконтроллеры.
Даташиты можно взять на
http://atmel.com (рекомендую начать изучение с at90s1200), описание на русском можно найти на
http://gaw.ruДаташит:
http://atmel.com/dyn/resources/prod_documents/DOC0838.PDFПрограмматор можно взять отсюда:
http://ln.com.ua/~real/avreal/ проверено, работает

но есть единственное но - at90s1200 после нескольких перепрограммирований начинает шить с глюками. глюк похоже в самом кристалле. Глюк возникает только при последовательном программировании.
Если Вы немножко знакомы с ассемблером, то разобраться в командах большой проблемы не составит. В даташитах есть краткий перечень команд и выполняемые ими действия: вполне хватает чтобы разобраться.
В ближайшем будущем по Вашей просьбе выложу на сайт пару программ с коментариями.