Чтобы прочитать по JTAG IDCODE, на TMS надо выдать последовательно шесть единиц, чтобы перейти в TAP reset, затем, выдав на TMS комбинацию 0,1,1,0,0, перевести TAP в состояние shift DR, и последовательно читать IDCODE с линии TDO, выдав ещё 31 цикл с TMS=0, затем лучше снова уйти в reset шестью единицами на TMS. Полная схема джитаговского автомата состояний нарисована, например, в даташите на циклоны, а сам стандарт целиком имеется
здесь.