Насчет AVR-овских программ. Я тут неделю назад попытался Dragon-ом, с помощью AVRDragon.exe ЕЕПРОМ считать, через debugWire, получил какой-то мусор, вместо данных. При том что IAR на этой же железке прекрасно отлаживается. Докинул три проводочка и avreal корректно считал ЕЕПРОМ через ISP. Впрочем, в IAR, в отладке, содержимое ЕЕПРОМ тоже показывалось корректно.
Так что поаккуратнее с этими "нативными" утилитками из
помойки AVR-studio, можно и вляпаться.

P.S.
Если что, пользовал avrdragon.exe v1.0.3