Запаял как у вас, только вместо CMODE_2 5,9к запаял 2,26к (RGMII).
Что в итоге полуилось... Когда вставляю медь, либо оптику по оддельности - линк не устанавливается. Но когда втыкаю вместе - лампочка линка загорается. Но судя по всему работа идет именно по меди.

UPD:
А как у вас ипользуется TXDIS/SRESETn? Я его никуда не подключал (вход пулл ап). И тут мне мысля пришла: Получается, что когда работаем по меди он у нас используется как софт ресет и все ок, но при переключениии в SFP mode, строб становится активным и микросхема уходит в PowerDown, что собственно и объясняет невозможность дальнейшего общения с ней.