Цитата(Torpeda @ Aug 27 2012, 15:30)

- На другом конце - железка, которая забирает данные с FT245R.FIFO на большой скорости (всё чё приходит до >3MB\sek), согласно протоколу
Сильно похоже на проблему с "хэндшейком". Однако, зачем оно Вам если "на большой скорости"?
Впрочем, поскольку вопросом на вопрос отвечать нехорошо - извольте:
1) ни разу не сталкивался, хотя ел эту морковку (FTDI) в больших количествах и разнообразиях. скорее всего тема - чисто Ваша.
2) FT_SetFlowControl(...), но в данном случае оно к делу относится, похоже, мало.
3) вопрос не ясен: что такое "приоритет конфигураций" (напоминает терминологию 1С)?
"опции команды Open" - это где такие, о чём речь?
К тому, FT245 - есть, как Вы правильно заметили, USB FIFO и при чём тут CTS до конца не понятно.
Возможно, но не понятно. Хотелось бы видеть что-то вроде RXF/TXE.