А при чем тут вообще клип-файл? Я писал о ситуации, когда нужно пин сделать механическим - открываем футпринт(файл .dra), включаем видимость слоя Package Geometry -> Pin Number и удаляем текст с номером нужного пина. Все, после удаления текста пин становится механическим. Каким местом тут клип-файл?
ЗЫ А по поводу переименования я писал, потому что вспомнил ситуацию с этим разъемом:
Пинов много, названия у них говорящие, но никакого автомата для того, чтобы их так создать придумать не удалось. В клип-файле тоже будет проблема, определить где какой пин и какой новый номер вместо 1-2-...-122 нужно задать.