Сколько МГц Вы сможете использовать для разных

функциональных схем будет неизвестно при любых ответах в теме.
У нас же другие

схемы - мы что гарантируем Вам?
Просто предела конвейеризации и оптимизации нету. Есть еще и ручное размещение. Есть еще и synplify.
Spartan 3 слабый кристалл. Для отдельных счетчиков и триггеров можно выйти на описанные в даташите скорости. Для всего проекта и 125 МГц может быть пределельной.