Ну, не видит флешку и все. Там уже есть какая-нибудь программа, плисина с нее загружается?
Если плата своя - смотреть схему.
Если плата неизвестного происхождения, то вызывает вопросы вот это: "для его конфигурирования установлена флэшка ST M25P64-VME6TG, причем один JTAG-разъем подведен отдельно к плисине, а другой подведен к флэшке".
Что за JTAG разъем у SPI флешки?
Да, и еще. Если используется ISE 14.2, полезно накатить вот этот патч:
http://www.xilinx.com/support/answers/51145.htmХотя у вас явно не этот случай, т.к. ядро прошивалки загрузилось нормально.