Судя по нагуглённому
тута, от бит-файла нужно только отрезать небольщой заголовочек (увы, переменной длины) и останется двоичный файл, который нужно затолкать в FPGA через SPI.
Если линковать к программе массив байтов, то не важно, получен он
из бинарного файла или пришиванием HEX-а. Размер будет одинаков.
Кстати, у альтеровского квартуса в Device Options / Programming Files есть куча птичек, включая генерацию .rbf (raw binary file), .hex, .ttf (текстовый файл с числами через запятую), т.е. нет проблем получить что-то, из чего легко делается массив в программе. Должно же и у xilinx что-то такое быть прямо в родном софте.