Цитата
если отличаются еще и входные/выходые частоты ? 24/25 КГц плывут относительно друг друга
Знакомо до боли

Регулярно возникающая на практике проблема.
Получается, что если потеряем отсчет или сделаем повтор, то происходит "трансформация времени", которую не переживет большинство модемов.
Я отталкиваюсь от того, какую максимальную фазовую нестабильность может "переварить" модем при требуемом SNR.
Пусть частота дискретизации сигнала 25 кГц. Потеряли/повторили отсчет - произошла сдвижка на 40 мкс - для модема это смерть.
Допустим, в результате экспериментов, или из теории и моделирования знаем, что модем может "переварить" сдвижки на 1 мкс, не более.
Тогда делаем полифазный интерполятор на 40 на входной частоте дискретизации, а децимацию на 40 делаем на второй частоте дискретизации
(которая скользит относительно первой). Тогда потери и вставки отсчетов будут иметь место на длительности 1 мкс. А это модем уже переварит.
ФИФО удобно поставить между интерполяцией и децимацией, при переходе с одного клока на другой.
Метод затратный, но работоспособный.