Насколько я понимаю у Вас ARM
0. Отодвигаете начало вашей программы в флешь на пару килобайт
1. Узнаёте по каким адресам в ОЗУ и какие секции расположены.
2. Выдёргиваете как-нибудь эти секции по одельности (по IAR я не спец, я больше по GCC )
3. Пишете ОТДЕЛЬНО программу которая читает секции с SD карты и пишет их в flash & RAM
4. прошиваете эту одельную программу
втыкаете sd КАРТУ и наслаждаетесь процессом копирования.
Конечно тут придётся повозиться со скриптами и настройкой компилятора. -- нюхнёте пороху ибо любая системная вешь -- это вам не "Hellow word!" понимаешь