Итак, я провел анализ на работе, у меня, как и предполагалось, "виноват" передатчик. SAM'овский SPI отрабатывает на прием все как задумано. Могу привести свои исходники, но они для Slave-режима и только на прием (без передачи). Вряд ли Вам будет это интересно.
Однако для справки могу сказать, что когда писал свою программу, ориентировался на пример
отсюда. Скорректировал под себя, разумеется (пришлось подробно ознакомиться с даташитом), но заработало с первого раза (SPI под ARM вообще делаю первый раз

).