Попробуйте 2 варианта:
1. Сохранить оба проекта в формате step (File/Save As выбрать Export STEP), загрузить оба step-файла в любой 3D-редактор (ACAD, COMPAS, Inventor и т.д. и т.п.) и уже там все смотреть, что вам угодно. Пробовал, получалось.
2. Сохранить один проект в формате step (File/Save As выбрать Export STEP), загрузить его в ваш другой PCBDoc-файл командой Place / 3D Body, выбрать сохраненный step-файл. Видимо, будут заморочки с размещением 3D Body на плоскости и в пространстве. Сам не пробовал, вероятно, что-то получится. Зато в Altium Designer, можно на плате в PCBDoc-файле on-line что-то подвигать.