Вобщем я в итоге разобрался,- после прошивки надо нажимать кнопку "Protect", тогда он поставит те биты которые отмечены,т.е. биты защиты прошиваются отдельно, либо добавить эту функцию в режим Auto, по умолчанию в ней по порядку происходит: очистка-тест очистки-программирование-верификация, этот список самому можно менять как угодно.
Проверил несколько раз - всё чётко, прошиваю, ставлю защиту, делаю очистку буфера чтобы изгнать загруженный хекс, считываю- а там одни нули, или единицы, это тоже можно задать-будет заполнять любыми данными.
Благодарю всех кто так или иначе откликнулся, думаю что решение данного вопроса съэкономит кому-нибудь время в будущем