По их (авторов StdPerifLib) логике Вы должны завести структуру, заполнить ей нужные поля и позвать функцию, которая сконфигурирует пин.
где-то так:
Код
{
GPIO_InitTypeDef GPIO_InitStructure;
//...............
GPIO_InitStructure.GPIO_OType = GPIO_OType_PP;
GPIO_InitStructure.GPIO_PuPd = GPIO_PuPd_UP;
GPIO_InitStructure.GPIO_Mode = GPIO_Mode_AF;
GPIO_InitStructure.GPIO_Pin = COM_TX_PIN[COM];
GPIO_InitStructure.GPIO_Speed = GPIO_Speed_50MHz;
GPIO_Init(COM_TX_PORT[COM], &GPIO_InitStructure);
А те определения - это их внутреннее дело, Вам туда смотреть не обязательно.
Безобразно, конечно, но хотя бы единообразно.
Russia est omnis divisa in partes octo.