Запрещать прерывания нужно только
что бы биты EEMWE и EEWE установились подряд!
Код
__disable_interrupt();
/* Write logical one to EEMWE */
EECR |= (1<<EEMWE);
/* Start eeprom write by setting EEWE */
EECR |= (1<<EEWE);
__enable_interrupt();
а вот пока ждется окончание записи наоборот имеет смысл прервания разрешать! а то все уснет на 9 ms
(если только конечно в перываниях еепром не пишется)