С глюком разобрался.
Прав был уважаемый
zombi - моя ошибка в программе.
Поясню. Оба USART работают на прерываниях. Так вот, согласно даташита ATXMEGA_AU прерывание по приему (RXC) будет возникать до тех пор, пока не будет прочитан DATA регистр. У меня в обработчике было сделано так, что этот регистр не читался, если была ошибка Frame Error, Buffer Overflow или Parity Error.
Строб (скорее всего из-за разводки печатной платы) производит наводку на линии приемника USARTE0. Приемник принимает байт с ошибкой, но так как программа не читает DATA регистр, это прерывание возникает постоянно.
Переделал программу. Сначала читаю DATA за тем проверяю ошибки. Нет ошибок, складываю данные в буфер, есть ошибка - выхожу из обработчика. Все стало работать как задумано.
Вот такие пироги

Спасибо всем кто откликнулся.