Огромное спасибо всем ответившим!
Все прочитал, сделал выводы.
В моем случае, конечно, нужно было качать AVR Studio 4, поскольку она сразу поддерживает мой avr icp mkII программатор и небольшая. А место на диске я экономлю, потому что он маленький SSD.

В общем, сделал я проект в этой Atmel Studio. Было трудновато начать и она плохо влезает в маленький экран ноутбука, но когда освоишься - нормально. Подсказчик кода - получше, чем в эклипсе. Иногда "подмораживала" мой ноут, по полминуты шуршала что-то там себе непонятное. Чисто технических проблем состыковать что-то с чем-то чтоб компилировалось-прошивалось - не было, работает сразу.
Теперь даже не знаю, сносить ли 6-ю студию и ставить легкую 4-ю...
Еще раз всем спасибо.