При тактировании MCLK от LFXT следует учитывать, что сбой в генерации часового кварца вызовет переход тактирования MCLK от DCO. Но состояние SELMx при этом не изменится.
Чисто логически тактирование от внешних компонентов менее надежно, чем от внутренних. По энергозатратам же выгоднее быстро выполнить программу и вновь уснуть, чем выполнять программу все время, но на маленькой частоте. Хотя и такой способ (делать "медленно и печально"

) тоже иногда практикуется в условиях сильных ограничений по максимальному току питания. А также в тех случаях, когда требуется постоянно опрашивать внешние устройства на наличие событий, но при этом нельзя (не получается) использовать прерывания.
Насчет сигналов DCOCLK_on и DCO_Gen_on. Они в общем-то условные. Первый, как вы правильно заметили влияет лишь на выходной сигнал DCOCLK, второй управляет работой самого генератора ("DC Generatior" на блок-схеме). Здесь еще следует заметить, что при вызове любого прерывания (в т.ч. при сбое любого из кварцевых генераторов, если разрешено прерывание битом OFIE) автоматически очищаются лишь биты CPUOFF, SCG1 и OSCOFF. А бит SCG0, который управляет работой генератора DCO, при переходе по вектору прерывания не изменяется.