Задержка будет рассчитываться исходя из размеров переходного, т.е. его длины(глубины). А его размеры такие же, как толщина платы, которая задается в стэке слоев - там определяется полная толщина платы как сумма всех ее слоев, медных и диэлектрических. Поэтому его и надо определить, по крайней мере задать корректную толщину.
Да, наверно стоит заметить, что все эти телодвижения актуальны на мультигигагерцовых дизайнах... Подумайте - оно Вам точно надо?