С AD9953 дела не имела, но у большнства прочих АЦП чипселект служит еще и для синхронизации. Например, если я скармливаю ему команду, состоящую из нескольких байт (например, команды установки режимов), а потом вдруг "забыла" сколько байт успела передать, то дернув чипселектом туда-сюда, могу начать передачу сызнова, т.к. после этого АЦП
забывает незавершенные процедуры.
Это же механизм обычно используется при чтении посылок из АЦП, содержаних более одного байта. Ведь если хотя бы один байт пропустишь, старшие байты числа перепутаются с младшими. Что бы такого не случилось, полезно делать встряску чипселектом с начала приема каждого значения. Обычно это реализуется так - CS всегда держат выключенным, а включает только на время чтения посылки. Когда автоматически получается, что АЦП выдаст посылку сначала, и байты от прошлых посылок в нем не застрянут.
В отношении "программирования" АЦП работает тот же механизм. А потому никак нельзя дёргать чипселектом в процесе
одного и того же акта приема-передачи. Например, если это не перидический режим выдачи, а режим получения одного значения по запросу, то между подачей запроса и чтением ответа чипселект отключаться не должен! А то получим одни нули

.