сколько времени есть на измерение этого фазового сдвига,
надо успеть за один период 200нс, или можно долго усреднять?
а то может просто xor, причём даже на просто
быстрой кмоп логике,(при этом наверное один сигнал фиксированно немного задержать чтобы около нуля не работать или просто синвертировать), потом простой фильтр и небыстрый сигма-дельта АЦП, который от этих же 5 МГц и затактировать.