1) JTAG UART нужен для отладки, в релизе его можно будет убрать.
2) После полной компиляции смотри Compilation report->Fitter->Resource Section->RAM Summary.
Там фиттер даёт подробный отчёт кто, сколько и куда

0) Для конфигурации логики не используются блоки M9K, это кирпичики, из которых строится схема.
Но эта память м.б. инициализирована сразу в процессе заливки конфигурации программатором или из флэш-памяти.