Много NC пинов - это обычно редкая ситуация. Хотя зависит от проекта. но как правило все стараются использовать минимальный корпус, лишь бы хватило пинов на весь функционал.
Насчет выравнивания есть хороший документ от Интел, только не могу его найти... А так навскидку, из того, что под рукой: