1) QII версия 7 старовата уже

2) Вы уверены, что в NIOS IDE компиляция проходит без ошибок?
По моему опыту QII ver 9.1
1) В квартусе компилируется проект и создаётся *.sof, который содержит железо.
2) *.sof заливается в отлаживаемую систему.
3) Копилируется программа для NIOS, создаётся *.elf, который содержит код программы.
4) Run As/Debug As-> NiosII Hardware заливает программу, в указанную при создании,
область памяти процессора и начинает выполнение.
!!! Если предварительно не будет залит sof,
запуск или отладка будут выдавать ошибку и откажутся выполняться.
А релиз готовится в зависимости от архитектуры системы...