Сразу скажу, что я не спец по высоконадежным схемам синхронизации, поэтому послветовать вам проверенное и красивое решение не могу. Могу только изложить свои мысли как специалиста по цифровой технике, впервые столкнувшегося с подобной задачей.
Во-первых, вы не формализовали задачу в нужной степени. От этого не совсем понятна цель и возможные пути реализации. Отсюда множественные уточняющие вопросы.
Цитата(iiv @ Jul 24 2013, 12:59)

спасибо за ответ, да, я согласен, что 50МГц гораздо проще передать, и от него синхронизировать внутренние PLL.
Синхро-клок может быть и на другой, более удобной частоте - 50/2, 50/4.
Цитата(iiv @ Jul 24 2013, 12:59)

Потеря одного такта клока для меня катастрофична, мне об этом сразу необходимо узнать, чтобы потом все переподстроить.
Так пропуск клока предполагается все-таки, просто его надо детектировать и реинициализировать систему? Что является событием "пропуск клока": пропуск 1 такта, 2-х, 3-х, N?
Цитата(iiv @ Jul 24 2013, 12:59)

первая плиска шлет клок второй,
вторая повторяет этот клок назад на первую
первая плиска снова дублирует пришедший клок назад на вторую, одновременно с этим первая плиска имеет два счетчика по своему клоку и по клоку, пришедшему от второй, если счетчики начали разбегаться, то выдает ошибку,
аналогичная проверка двух входящих клоков происходит на второй плиске.
Не слишком ли вы усложняете? Как насчет такой схемы.
Board_1 (master) Board_2 (slave)
CLK_SYNC_OUT -> clk_sync -> CLK_SYNC_IN
CLK_INIT_OUT -> clk_init -> CLK_INIT_IN
CLK_FAIL_IN <- clk_fail -> CLK_FAIL_OUT
Board_1 - clock-master, Board_2 - clock-slave, между ними в направлении Board_1 => Board_2 идет CLK_SYNC (скажем, 25 МГц). Board_2 имеет способность способность детектировать пропуск такта/тактов CLK_SYNC (как минимум, а может детектировать и качество конечного клока тоже) на своей стороне, и сигнализирует об этом Board_1 через CLK_FAIL сигнал. Board_1 занимается контролем качества своего локального клока, и мониторит CLK_FAIL_IN вход. Если что не так - переинициализирует клок-схему, принуждая Board_2 сделать то же самое через CLK_INIT сигнал.
PLL вроде контролирует качество генерируемого клока и реагирует на срывы (у него есть выход типа CLK_OK). Точное поведение и характеристики надо, конечно, изучить по документации.
Для контроля пропусков локального 450 МГц клока (если это действительно нужно, и если PLL не делает эту работу), придется замутить какую-то схему.