Я бы вообще рекомендовал проверять все зазоры в PADS Router, a не в PADS Layout. На мой взгляд там это лучше реализовано, в частости можно настраивать вот это:
Цитата
DRC работает только в видимом окне и во включенных слоях
Плюс можно выставить флаг игнорирования ошибки для будущих проверок, в вашем случае это может помочь избавиться от ложных индикаторов.