Только что сам столкнулся с подобной проблемой как и
zuuuuk. Действительно, проблема была в настройках не подключенных пинов.
Т.к. у меня Top-level был в EDK, то все решилось строкой
Код
-g UnusedPin:PullNone
в файле bitgen.ut, которая переводит пины в высокоимпедансное состояние.