контроллер EPCS, как компонент ниоса работает в user mode, поэтому ноги д.б. помечены как regular i/o, если используется одно устройство для хранения конфигурации ПЛИС и программы процессора.
пример qsf из рабочего проекта (тут не все dual-purpose пины относятся к EPCS, я их кучей выделил):
CODE
set_instance_assignment -name DATA0_PIN ON -to epcs_data0
set_instance_assignment -name SDO_PIN ON -to epcs_asdi
set_instance_assignment -name SCE_PIN ON -to epcs_cs_n
set_instance_assignment -name DCLK_PIN ON -to epcs_dclk
set_global_assignment -name RESERVE_DATA0_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO"
set_global_assignment -name RESERVE_DATA1_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO"
set_global_assignment -name RESERVE_FLASH_NCE_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO"
set_global_assignment -name RESERVE_DCLK_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO"
set_global_assignment -name CYCLONEII_RESERVE_NCEO_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO"
а в принципе, никто не запрещает флешку для программы ниоса повесить на любые ноги. просто смысла нет, раз она уже используется для хранения sof