Спасибо за то что вникли и так подробно отвечаете. по пунктам:
1) насчет группировки модели по блокам - скорее всего вы правы, это первая модель в симулинке, с которой я экспериментирую, и то изначально мне дали готовую основу, а я уже пытаюсь ее шлифовать. Но имхо пока модель аналоговая, разделение на блоки не принципиально, хотя и удобно.
2) это тоже не принципиально. датчик вообще будет давать попугаи в секунду или количество щелчков энкодера на оборот, после него все равно будет усилитель (неважно, аналоговый или цифровой), который приводит значения к условному уровню. Можно и без этих усилителей, сразу в ПИДы коэффициенты соответствующие выбирать
3) множители также не принципиальны, см. п. 2. выбраны в модели исключительно для подбора коэффициентов ПИДов в районе 1-цы.
4) люфт "сигнальный", да

механического так и не нашел в сим-меканикс, может плохо искал. Но для качественной картины устойчивости при люфте такой сигнальный люфт более менее подходит. Все лучше, чем ничего
5) Трения нет, хотя его можно добавить, это вроде можно найти в компоненте. Вопрос в том, насколько точно моделировать. По хорошему, надо добавить еще тряску земли (в вариантах "на столе" и "на полу вагона метро"), ветер, жесткость конструкции и т.п. Но повторюсь, мне хотелось получить некую качественную картину, проверить ее на тех воздействиях, что я смогу смоделировать (шумы датчиков, люфт привода (пусть и сигнальный). тряску шумом и импульсами за верхнюю часть конструкции, скачок сигнала уставки) - и посмотреть, хорошо ли моя ПИД-модель переваривает эти воздействия. Чтобы оценить. реализуется ли она в железе в принципе.
6) Динамики двигателя тоже нет

Двигатель сам по себе сложная система для моделирования, автор модели (исходной) применяет вместо него актуатор, т.е. просто интерфейс между сигнальной и механической частью. Конечно далеко от идеала, но надеюсь в грубом приближении должно сойти.
1) по фильтру в канале задания уставки понял, попробую, сначала думал вы предлагаете фильтр в канале управления.
2) про коэффициенты и размерности выше писал и продолжаю думать что это не принципиально. Все равно все решается коэффициентами ПИДов.
А вот с ПОС так и непонятно. Хотя только что посмотрел выходы сигналов с двух ПИД-ов и их сумму, картинка производит впечатление, но хорошо это или плохо и что делать дальше пока не понял.