1. По-моему проще неиспользуемые пины назначить на выход
2. Если покопаться в настройках проекта в Quartus`e, можно найти настроечку куда коннектятся свободные пины (к земле, к питанию или к воздуху

), правда для разных микросхем возможны разные варианты (что для 7000S сейчас на помню)