Вопрос понятен, и до боли знаком
Фиксировать разводку - неправильное решение.
Если кратко изложить ответ, то:
Цитата(iosifk @ Nov 15 2013, 14:37)

сам проект - асинхронный, и потому в нем что-то перекашивает...
Уберите ассинзронные сбросы и установки. Видел прокты у которых определённое состояние шины через элемент И заводилось на тактовый вход. И проект работал! и люди ничего не хотели менять. Но скорее всего, как и у вас до поры, до времени.
Так что никакого искуственного принуждения схемы к работе, холько синхронизация всего и вся. Можно конечно и отойти от правил, но чётко представляя себе где именно, зачем это надо, и почему это будет работать вечно.
А что студент, так то хорошо.