Цитата
ISR(TIMER1_COMPB_vect) // срабатывает по сравнению, через 12 мс после сброса счётного регистра
Вот и сведите его к
Код
answer[4] = TCNT1L;
answer[3] = TCNT1H;
TCNT1H = 0;
TCNT1L = 0;
Будет работать? Скорее да. Всё остальное или в main или по функциям