Из P-CADa эквивалентность выводов/гейтов не передается. Да и свапить их можно не в процессе трассировки, а в процессе размещения.
А диффпары - только вручную менять местами. Или рисовать каждую пару пинов отдельным гейтом и свапить гейты

Но все равно в P-CADe.