Можно попробовать в стиле С:
CODE
%Открываем файл на чтение
inFile = fopen('file.txt','r');
%Считываем первую строку
colNames = fgets(inFile);
%Считываем массив и транспонируем его
dataArray = fscanf(inFile,'%d %d',[2 Inf])';
%Закрываем файл
fclose(inFile);
Будет работать только если названия переменных в первой строке.