На схеме отладочной платы ML507 есть разъёмы J4, J6. На J4 приходят дифф сигналы. На плате эти цепи согласованы по длине.
Поэтому если вы на своей плате сделаете согласование длин цепей к эти разъёмам, то облегчите себе жизнь в последующей работе с платой.
У Analog Devices есть АЦП с выходом как CMOS так и LVDS (переключаемые).
Посмотрите, может для вашей АЦП есть совместимая по контактам с LVDS выходами микросхема.
С учётом её выводов можно делать схему соединения с ML507.
Брать сигнал тактирования с выхода ПЛИС для АЦП не стоит, разве что вам просто нужен принцип оцифровки, работать будет, но ...
по поводу
Цитата
А входной сигнал я могу поделить, допустим, пополам двумя резисторами по 25 Ом, и подать на одну ногу дифференциального входа ацп, привязав вторую ногу диф. входа на землю?
Так делать нельзя. У дифф. входа сигналы подаются относительно уровня порового сигнала. Этим уровнем может быть Common-Mode Level Bias Output. Посмотрите схему включения усилителя и трансформатора со страницы 15 даташит. Этим уровнем сигнал с выхода усилителя смещается к уровню нуля.
Для того чтоб получить на выходе АЦП нулевой выход мы должны замкнуть входы не к земле, а к сигналу CML.
Не пожалейте сил и средств на входной буфер АЦП, он стоит дешевле микросхемы АЦП и перезаказа печатной платы. Усилитель или трансформатор зависит от задач. Если нужна полоса пропускания от 0 Гц (постоянный уровень, видеоимупльс и т. п.), то нужен усилительный буфер, а если нужно только ВЧ часть сигнала, то можно ставить трансформаторный буфер на вход.