Цитата(djhall @ Jun 13 2014, 17:04)

В параметрах выставил разрядность 12 бит и длинну преобразования 1024
Да теорию надо подтянуть.
1024 это разрешающая способность преобразования по частоте!
Цитата(djhall @ Jun 13 2014, 17:04)

а на вход он требует подать почему-то 4096 отсчётов. Причём выдаёт также 4096 отсчётов в спектре.
4096 отчетов это входной сигнал, по которому будет производиться преобразование.
Каждые входные 1024 отчета дают 1024 выходных отчетов (спектра сигнала).
Цитата(djhall @ Jun 13 2014, 17:04)

Что же я получаю на выходе FFT? Помогите с интерпретацией.
Вообще, дискретное преобразование Фурье это непрерывные процесс,
с некоторыми оговорками можно провести аналогию с аналого-цифровым преобразованием.
Непрерывный аналоговый сигнал преобразуется в его дискретное представление,
так же и спектр сигнала, это непрерывный сигнал, а FFT дает его дискретное представление.