Я бы не стал ставить утилиты пакета MSYS в несвойственное им место. Тулчейн может обновиться. Другие среды и тулчейны могут использовать эти утилиты в своих целях. Мало ли ещё какие причины могут быть?
Лучше проинсталлировать
MSYS стандартным способом с сохранением пути к нему в переменной PATH. А вот путь к тулчейну я в переменной PATH не сохраняю, а указываю в Project->Properties->C/C++ Build->Environment в переменной PATH (у меня Eclipse Luna, но и в других аналогичных IDE есть похожее). Так удобнее и при экспериментах с разными тулчейнами и с переносимостью проекта лучше.