У топикстартера довольно специальная тема вопроса - цифровая обработка импульсного сигнала после предусилителя, который формирует сигнал специальной формы. Такое используется в ядерной физике при обработке сигналов с полупроводниковых датчиков. Зачем такое с ФЭУ, я не совсем понимаю, т.к. разрешение будет мало. Есть вариант с быстрыми сцинцилляторами с временев высвечивания десяток нс, но там ацп ставят на гигагегц.
Обычно наложенные импульсы отбрасывают. Что хочет спросить топикстартер, я не понял.
Много информации по теме можно найти на
http://www.amptek.com/http://www.xia.com/и поискать в гугле алгоритм "Moving Window Deconvolution"
Обычно старт импульса фиксируют быстрым фильтром. Не совсем понимаю, как можно привязаться к базовой линии, поскольку она плывет в зависимости от загрузки.
"Человек - это существо, которое охотнее всего рассуждает о том, в чем меньше всего разбирается." (с) С.Лем