Всем спасибо. Всё заработало. Глюки из серии "Внималтельно читайте документацию"

Просто при переходе с APEX20KC NCONFIG на принципиальной схеме осталься подключенным к Vccint (+1.2 В), что понималось кристаллом как низкий уровениь. Также надо было использовать режим Passive Serial, когда без JTAG.
И всё-таки интересно, почему в режиме Active Serial во время заливки через JTAG присутстует активность на выводах, предназначенных для взаимодействия с КУ?