Просто в современных ИТ от недостатка гениев всё очень сложно и запутанно, все связи/пересечения/варианты тысяч бит состояния отследить и вылечить возможные пути образования глюков невозможно.
У меня давно выработался рецепт -- если видишь глюк странный, нужно скопировать весь каталог проекта с ним для "образца", чтобы было, из чего устойчиво повторять в ещё одной (третьей) копии, вдруг в основной ветке после пары пассов всё испарится. Правда, не всегда об этом помню...

И svn тут слабый помощник, на него обычно промежуточные файлы не пишутся, а причина может быть там.
Этот весь каталог при уверенности в своей правоте потом можно слать производителям, уменьшив проблему до приличной -- пусть лечат. Перекомпилят все файлы по одному, перелинкуют, найдут таки место, где проблема сидит...
Ещё вчера забыл предложить метод диагностики -- вызвать первую функцию не из прерывания и глянуть, будет ли нормально отлаживаться вторая.