Судя по описанию 2й является полной копией стандартного кабеля Xilinx Platform Cable USB. Первый же является чистым JTAG - USB адаптером. Из iMPACT'а будут работать оба (но для 1го придется поставить софт от Digilent), и SPI/BPI Flash'и, подключенные к FPGA для загрузки они будут программировать оба. Будет ли 1й работать с EDK и Chipscope не подскажу (не пробовал). А вот грузить FPGA в режиме отличном от JTAG скорее всего не будет (да и не надо

)
Кроме того, к 1му прилагается полный SDK для работы с ним (кому надо)